/var/lib remplit la partition

freezix · January 14, 2015, 10:58am

Bonjour,

je fais df -h

/dev/sda6   2,8G  2,7G     0 100% /var

sudo du -chs lib/

2,1G    lib

ls -lah lib/

drwxr-xr-x 48 root         root         4,0K nov.  21 21:52 .
drwxr-xr-x 13 root         root         4,0K nov.   9 03:06 ..
drwxr-x---  8 amavis       amavis       4,0K janv. 14 06:53 amavis
drwxr-xr-x  5 root         root         4,0K janv. 13 11:18 apt
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 03:13 aptitude
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 02:57 aspell
drwxrwxr-x  2 root         bind         4,0K nov.   9 11:20 bind
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 03:11 dbus
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 03:15 dhcp
drwxr-xr-x  5 root         root         4,0K nov.   9 02:57 dictionaries-common
drwxr-x---  2 root         root         4,0K janv. 14 03:12 dovecot
drwxr-xr-x  7 root         root         4,0K janv. 13 11:18 dpkg
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 03:03 exim4
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 02:50 initramfs-tools
    drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K juil. 18  2013 initscripts
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K juil. 14  2013 insserv
drwxr-xr-x  2 openldap     openldap     4,0K nov.  22 12:54 ldap
drwxrwsr-x  2 libuuid      libuuid      4,0K déc.   9  2012 libuuid
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 06:25 logrotate
drwxr-x---  3 metronome    metronome    4,0K nov.   9 11:20 metronome
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K oct.   7  2013 misc
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K janv. 14 06:25 mlocate
drwx------  7 mysql        mysql        4,0K nov.  22 12:54 mysql
drwxr-xr-x  5 statd        nogroup      4,0K nov.   9 03:15 nfs
drwxr-xr-x  7 root         root         4,0K nov.   9 03:13 nginx
drwxr-xr-x  2 ntp          ntp          4,0K janv. 14 07:57 ntp
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K avril 28  2013 os-prober
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 03:12 pam
drwx-wx-wt  2 root         root         4,0K janv. 13 20:39 php5
drwx------  3 root         root         4,0K nov.   9 03:07 polkit-1
drwxr-xr-x  2 postfix      postfix      4,0K nov.   9 03:18 postfix
drwx------  2 postgrey     postgrey     4,0K nov.  22 12:54 postgrey
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 03:11 pycentral
lrwxrwxrwx  1 root         root           18 nov.   9 02:58 python-support -> /usr/lib/pymodules
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K juin  22  2014 samba
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 03:00 sgml-base
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K avril 23  2013 slapd
drwxr-xr-x  5 debian-spamd debian-spamd 4,0K nov.  10 06:36 spamassassin
drwx------  3 root         root         4,0K janv.  1  1985 sudo
drwxr-xr-x  3 root         root         4,0K nov.   9 03:10 systemd
drwxr-xr-x  3 root         root         4,0K nov.   9 02:57 tex-common
drwxr-xr-x  4 root         root         4,0K nov.  21 21:52 transmission-daemon
drwxr-xr-x  3 root         root         4,0K janv. 13 11:18 ucf
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.  24 22:43 udisks
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.  23  2012 update-rc.d
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 02:48 urandom
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 02:50 usbutils
drwxr-xr-x  3 root         root         4,0K nov.   9 02:49 vim
drwxr-xr-x  2 root         root         4,0K nov.   9 03:00 xml-core

La partition sur laquelle est /var est donc pleine et ça provoque le dysfonctionnement de owncloud

Moul · January 14, 2015, 10:58pm

Salut freezix,

Ce problème est connu et a été corrigé je l’espère.
Tu as installé comment YunoHost ? Avec l’ISO ? Il y a combien de temps à peu-près ?

Tu peux peux peut-être faire de la place, mais je crains qu’il faille que tu réinstalle et migre tes données sur une nouvelle instance YunoHost.

Au plaisir.

freezix · January 15, 2015, 2:22pm

Je l’ai installé avec l’ISO, je ne sais plus quand.

Pour migrer les données, il faut que j’exporte le contenu des BDDs et celui de /var/www ? Pour les utilisateurs, y a-t-il un moyen des les exporter ? Comment j’accède à mysql, quel nom d’utilisateur et mot de passe ?

Merci de ton aide.

kload · January 15, 2015, 7:26pm

Que te renvoi un du -sh /var/lib/* ?

Le ls -lah ne permet pas de voir la taille totale des dossiers

freezix · January 16, 2015, 1:29pm

Voilà qui est intéressant !

1,1M    /var/lib/amavis
77M    /var/lib/apt
7,0M    /var/lib/aptitude
17M    /var/lib/aspell
12K    /var/lib/bind
8,0K    /var/lib/dbus
12K    /var/lib/dhcp
32K    /var/lib/dictionaries-common
16K    /var/lib/dovecot
26M    /var/lib/dpkg
28K    /var/lib/exim4
8,0K    /var/lib/initramfs-tools
4,0K    /var/lib/initscripts
4,0K    /var/lib/insserv
1,3M    /var/lib/ldap
4,0K    /var/lib/libuuid
8,0K    /var/lib/logrotate
12K    /var/lib/metronome
4,0K    /var/lib/misc
2,0M    /var/lib/mlocate
1,9G    /var/lib/mysql
16K    /var/lib/nfs
4,1M    /var/lib/nginx
8,0K    /var/lib/ntp
4,0K    /var/lib/os-prober
28K    /var/lib/pam
4,0K    /var/lib/php5
28K    /var/lib/polkit-1
28K    /var/lib/postfix
11M    /var/lib/postgrey
8,0K    /var/lib/pycentral
0    /var/lib/python-support
4,0K    /var/lib/samba
12K    /var/lib/sgml-base
4,0K    /var/lib/slapd
1012K    /var/lib/spamassassin
8,0K    /var/lib/sudo
16K    /var/lib/systemd
12K    /var/lib/tex-common
252K    /var/lib/transmission-daemon
320K    /var/lib/ucf
4,0K    /var/lib/udisks
4,0K    /var/lib/update-rc.d
8,0K    /var/lib/urandom
472K    /var/lib/usbutils
8,0K    /var/lib/vim
12K    /var/lib/xml-core

Du coup je ne serais potentiellement pas obligé de réinstaller ?

freezix · January 16, 2015, 1:31pm

-rw-rw---- 1 mysql mysql 1,9G janv. 15 15:37 ibdata1

Du coup, je peux suivre ce post peut-être ?

celui là dit ± la même chose
http://www.system-linux.eu/index.php?post/2010/09/27/Innodb_ibdata

freezix · January 17, 2015, 4:56pm

mais pour faire mysqldump il faut que je puisse me connecter et je ne sais pas quels identifiants utiliser…

freezix · June 5, 2015, 2:04pm

J’avais refait une installation avec la dernière ISO, mais me revoilà face à ce même problème. Du coup j’ai déplacé mysql :

sudo su service mysql stop mv /var/lib/mysql /var/lib/mysql-old/ mkdir /home/mysql chown mysql:mysql /home/mysql ln -s /home/mysql/ /var/lib/mysql/ cp -pr /var/lib/mysql-old/* /home/mysql/ service mysql start

S’assurer que mysql redémarre normalement avec de libérer l’espace :

rm -r /var/lib/mysql-old/

Pour l’instant ça marche

tomdereub · February 9, 2017, 11:12am

Salut,
Je déterre ce sujet car j’ai le même problème : le fichier ibdata1 dans /var/lib/mysql pèse 50 Go… Vu que ma partition /var en fait 100 ça ne me bloque pas encore, par contre le disque est en permanence à fond en écriture sur cette partition là, et ça fait tout ramer.
@Moul apparemment le problème est corriger depuis la version 5.6 de mysql, mais celle qui est installée est la 5.5.54…
J’ai trouvé quelques trucs sur le net, genre ça : https://www.percona.com/blog/2013/08/20/why-is-the-ibdata1-file-continuously-growing-in-mysql/, mais je n’y comprend pas grand chose. Et surtout j’ai l’impression que les manips proposées risquent de me faire perdre pas mal de chose.

Le problème est apparu sous ynh 2.4, depuis j’ai fait l’upgrade vers 2.5, et le problème persiste.
Help ?

tomdereub · February 9, 2017, 2:01pm

Bon, j’ai un peu avancé. Dans phpmyadmin, en faisant la commande du blog de percona.com, j’obtiens ça :

---TRANSACTION E79225F, ACTIVE 701575 sec rollback
ROLLING BACK 754415 lock struct(s), heap size 77511096, 18609625 row lock(s), undo log entries 85796525
MySQL thread id 23567, OS thread handle 0x7f92e74f6700, query id 621166048 localhost owncloud
rollback

Elle est en route depuis 8 jours, ça correspond à un scan que j’avais lancé sur Owncloud via la commande :
sudo -u owncloud php /var/www/owncloud/console.php files:scan --all
pour afficher les dossiers multimedias (cf ce post : Choix d’un dossier multimédia).

J’ai interrompu le scan hier, et la transaction a l’air d’être déjà en Rollback, mais je ne sais pas combien de temps ça va prendre et si ça va se finir un jour (vu la taille de mon fichier ibdata1). En attendant, ça fait ramer énormément mon serveur…

Donc je suis preneur de bonnes idées, de trucs à tenter, etc…

Aleks · February 9, 2017, 2:08pm

Salut,

il y a une issue ouverte sur ce sujet depuis quelque temps : https://dev.yunohost.org/issues/523

Si quelqu’un a le courage de trouver/proposer une solution à implémenter…

Maniack_Crudelis · February 9, 2017, 9:22pm

La solution est donnée dans l’issue. Il suffit de dissocier les tables avec innodb_file_per_table.
Mais ça prévient le problème, ça le règle pas.

tomdereub · June 26, 2017, 3:35pm

Je me permets de déterrer ce post : après la màj vers yunohost 2.6, j’ai ce message :

Attention : Le fichier de configuration « /etc/mysql/my.cnf » a été modifié manuellement et ne sera pas mis à jour

Et la différence, c’est que sur mon serveur j’avais ajouté à la main la ligne “-innodb_file_per_table=1”. Est-ce qu’il ne faudrait pas l’ajouter par défaut dans yunohost ?

Aleks · June 26, 2017, 3:41pm

Salut,

oui, la question c’est de mesurer les implications que ça a (est-ce qu’une migration des bases existantes est nécessaire ou non ?) et de tester la chose. L’issue est ouverte sur le bugtracker, il faut juste quelqu’un avec du temps pour faire les tests qui vont bien et l’implémenter

tomdereub · June 26, 2017, 7:59pm

Ok ça marche !