Bizarre effectivement. Mais comme JD n’est pas une application officiellement supportée, ce genre de comportement ne me choque pas plus que ça.
Je fais les mises à jour via l’interface web. Cela dit, je suis quand même obligé de repasser par la ligne de commande dans la foulée parce qu’en général, JD ne redémarre pas…
Pour ce qui est de Nextcloud, je galère aussi pas mal quand j’y colle des fichiers en dehors de sa propre interface. J’arrive parfois à les lui faire reconnaitre en forçant un scan des dossiers : ./occ files:scan bob --path=/bob/files/externaltest
Tu trouveras probablement plus d’aide sur le forum à ce sujet.