Bonsoir @Bibindoum ,
Tu es un aventurier ? 
Lancer un apt update && apt -y dist-upgrade && yunohost tools upgade au milieu de la nuit sans surveillance c’est plutôt risqué.
De mon côté, j’ai installé apticron et le serveur vérifie quotidiennement s’il y a des mise à jour à faire et m’envoie un mail le cas échéant :
apt install apticron
nano /etc/apticron/apticron.conf # Editer le fichier de configuration d’apticron
EMAIL “root” EMAIL=“admin@domaine.tld” # Remplacer l’envoi du mail à root par ton adresse mail
Ctrl+o pour enregistrer
Ctrl+x pour sortir
Il faut quand même faire un yunohost tools update de temps en temps pour voir s’il n’y a pas une application à mettre à jour, et faire un yunohost tools upgrade si nécessaire.
EDIT :
Sinon, une fois que tu as reçu le mail, tu peux passer par le panel web de ton instance pour procéder aux mises à jour du serveur et des applications en mode graphique.
ppr