Salut à tous !
En grattant un peu, j’ai trouvé une solution 
(reste à voir si le problème ne revient pas…)
Comme j’utilise le repo officiel MongoDB, la commande mongod --repair ne fonctionne pas car le path par défaut est /data/db alors que le mien est /var/lib/mongodb.
En outre, il semble que la commande doive être lancée par l’utilisateur mongodb.
Aussi, voilà ce que j’ai fait :
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j’ai vérifié que l’utilisateur mongodb est propriétaire dudit dossier. Si ce n’est pas le cas :
sudo chown -R mongodb: /var/lib/mongodb -
j’ai réparé :
sudo -u mongodb mongod --dbpath /var/lib/mongodb --repair -
j’ai redémarré :
sudo yunohost service restart mongod
Ça a permis de relancer le service durablement et, de fait, de débloquer la mise à jour de l’application Wekan…
Si ça peut aider quelqu’un…