??? Effectivement à part une fausse manip je ne vois pas. Même le dossier conf_regen a disparu?
/var/www/nextcloud/config/config.php est bien fait exprès pour les configurations personnelles de Nextcloud. Je l’utilise pour plusieurs choses dont les preview pdf,mp4,etc…la durée de rétention de la poubelle, preview generator, etc… et je n’avais même pas fais attention qu’il existait une option pour logout_url 
Bien vu @Cellophile.