Tu devrais regarder dans les logs /var/log/yunohost/yunohost-cli.log si il n’y a pas “Une instance est déjà en cours d’exécution”.
Si tu vois ça c’est que certaines commandes ne se sont pas exécutées correctement. Si il y en a peu et selon le cas, tu peux éventuellement rejouer la commande à l’origine du message.
Dans ce poste, j’explique un début de solution pour régler ça :
Milliers de Messages reçus dans Roundcube, du genre Cron <root@Yunohost> yunohost dyndns update >> /dev/null