Je ne compte que 36 Go listés sur les 109 Go annoncés par df -h, il y a quelque chose d’étrange. 
Le dossier `/home/yunohost.app/ contient les données des apps de YunoHost, il pourrait être stocké sur ton HDD, sous couvert qu’il soit toujours connecté au serveur.
Tu peux régler Nextcloud pour limiter les versions des fichiers.
Au niveau des logs, voici ma réponse à ta similaire question en octobre 2021: Usage du disque / Free spaces - #3 by tituspijean 
J’y ajouterais sudo journalctl --vacuum-size 100M pour nettoyer le journal des services.