Un collègue bienveillant s’est penché sur le cas et a permis de trouver la solution.
Il s’agit d’un bug de la version de rspamd fournie avec yunohost qui crash de temps en temps avec une erreur SEGFAULT.
Suivre les instructions ici Rspamd segfault and no dkim signature on output mail - #2 by quiwy
a permis de résoudre le problème.