C’est le format du process d’installation qui veut ça. Dans ce cas ça ajoute un dépot dans le système, alors que d’autres applications téléchargent une release donnée (avec vérification par hashage pour vérifier que ce qui a été testé est bien ce qui est téléchargé, par exemple : )
La, tout ce que je peux te proposer, c’est de tester dans une machine de test (installer la version stable actuelle, puis de faire la mise à jour vers ton repo en utilisant yunohost app upgrade openproject -u https://github.com/Dazeilad/openproject_ynh/tree/patch-2 --debug )
La tu pourra voir ce qu’il se passe, je soupçonne peut-être un soucis avec apt, qui voit que son repo a changé et doit poser une question qui n’est pas loggée.
Mais pour le coup, il faudrait vérifier en conditions réelles.
Attention cependant, comme cette installation se fait en ajoutant un repo système, il est plus que probable que si tu essaie d’en avoir 2 en versions différentes sur le même système, ça explose 
(Donc, faire le test sur une machine de test)