Nextcloud disparu apres echec d'une update

Mon serveur YunoHost

Matériel: VM hebergée chez un FAI associatif
Version de YunoHost: 11.1.21.4 (stable)
J’ai accès à mon serveur : En SSH + Par la webadmin |
Êtes-vous dans un contexte particulier ou avez-vous effectué des modificiations particulières sur votre instance ? : non
Si oui, expliquer: -
Si votre requête est liée à une applicatio, précisez son nom et sa version: app Nextcloud

Description du problème

Hello,

j’ai tenté une màj de mon app Nextcloud via la webadmin (25 vers 26). L’upgrade a échouée (voici les logs : https://paste.yunohost.org/raw/dunebagaro ). J’ai remarqué que mon service MySQL avait crashé a peu près pendant l’install (ce qui doit expliquer le crash de la mise à jour?).

Mon problème : Nextcloud n’est plus présent dans la liste des app installées sur mon instance Yunohost. Comment le récupérer ?
J’ai peur qu’en réinstallant simplement depuis la liste des app, je reparte avec une nouvelle instance, hors j’ai plein de données - contact, agenda, task etc - que je souhaiterais récupérer.
Est-ce que vous avez une idée de comment faire ? :fearful:

2023-07-02 08:41:54,533: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,540: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,540: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,540: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,540: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,540: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,540: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,541: DEBUG - Repair warning: Unable to clear the frontend cache
2023-07-02 08:41:54,542: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,543: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,543: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,544: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,545: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,545: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,546: DEBUG - Repair error: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,547: DEBUG - Doctrine\DBAL\Exception: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused
2023-07-02 08:41:54,547: DEBUG - Update failed

On dirait que la base de données a planté pendant la mise à jour, et n’était donc pas disponible pour la restauration de l’app.

Déjà rassure-toi, les données de tes utilisateurs ne sont pas affectées (elles sont dans /home/yunohost.app/nextcloud). Il suffit de réussir à la restaurer (pour la partie configuration) et de comprendre ce qui a planté dans la DB.

Redémarre le service MySQL/MariaDB. S’il reste planté, partage ses logs.

S’il fonctionne, essaie de restaurer la sauvegarde de Nextcloud.

@tituspijean , merci pour ton retour !

J’ai relancé le service qui etait effectivement KO, voici mes très verbeux logs : hastebin (pas grand chose … :grimacing: ) . A noter que MySQL crash “régulièrement”. Je me demande si ce n’est pas un manque de mémoire dispo (à confirmer)

J’ai ensuite tenté un restore depuis Backup/Local : /home/yunohost.backup/archives/nextcloud-pre-upgrade2.tar , mais le restore est tjrs KO. Voici les logs : https://paste.yunohost.org/raw/nanojuwefo

Déjà rassure-toi, les données de tes utilisateurs ne sont pas affectées (elles sont dans /home/yunohost.app/nextcloud). Il suffit de réussir à la restaurer (pour la partie configuration) et de comprendre ce qui a planté dans la DB.

En SSH :

  • /home/yunohost.app/nextcloud$ ls
    • data
  • /home/yunohost.app/nextcloud$ cd /data/
  • /data$ ls
    • [rien]

Je dois m’inquiéter ? :grimacing:

Oui. :scream: Es-tu bien connecté en tant que root? Ou exécutes-tu bien ces commandes avec sudo?

root@server:/data# ls
[rien]

a noter que l’ensemble des fichiers sont situés dans cd /media/data/. Je viens de vérifier là, et je retrouve bien mes contenus (je n’ai plus bien ma config en tete, mais possible que j’utilise un point de montage dans Nextcloud qui pointe vers un autre disque de stockage). Ca, c’est rassurant.

Pour ce qui est des data en db, je ne sais pas trop quoi faire (notamment les tasks, agenda, …).
Si je réinstalle une instance Nextcloud (nouvelle install):

  • est-ce que je risque de perdre toutes mes données ? est-ce que la db est initialisée/cleanée à l’install ?
    • est-ce si je repars sur une install clean, je pourrais ensuite lancer le backup depuis l’archive pré-update, et récupérer mes données à ce moment là ? :thinking:

Je viens de comprendre. C’est cd data, pas cd /data/ (avec le slash au début, tu retournes à la racine de ton serveur). Par contre là je suis confus avec ton histoire de /media/data… vérifie ta config et tes points de montage.


Avant de s’attaquer à la restauration de Nextcloud, il est primordial de réparer la base de données. Regarde du côté de sudo journalctl -xe --unit=mariadb.service

Pour voir si les délestages d’urgence à cause de la mémoire sont fréquents, essaie sudo grep Killed -ri /var/log/{syslog,daemon}*

$ sudo grep Killed -ri /var/log/{syslog,daemon}* retourne :

/var/log/syslog:Jul  2 08:20:59 [server] dovecot: log(765): Warning: Killed with signal 15 (by pid=1 uid=0 code=kill)
/var/log/syslog:Jul  2 08:41:54 [server] kernel: [2908189.731887] Out of memory: Killed process 935324 (mariadbd) total-vm:1092716kB, anon-rss:255776kB, file-rss:0kB, shmem-rss:0kB, UID:109 pgtables:680kB oom_score_adj:0
/var/log/syslog:Jul  2 08:41:54 [server] systemd[1]: mariadb.service: A process of this unit has been killed by the OOM killer.
/var/log/syslog:Jul  2 08:41:54 [server] systemd[1]: mariadb.service: Main process exited, code=killed, status=9/KILL
/var/log/syslog.1:Jul  1 20:23:06 [server] kernel: [2863862.366392] Out of memory: Killed process 570761 (mariadbd) total-vm:1085268kB, anon-rss:155392kB, file-rss:0kB, shmem-rss:0kB, UID:109 pgtables:472kB oom_score_adj:0
/var/log/syslog.1:Jul  1 20:23:07 [server] systemd[1]: mariadb.service: A process of this unit has been killed by the OOM killer.
/var/log/syslog.1:Jul  1 20:23:08 [server] systemd[1]: mariadb.service: Main process exited, code=killed, status=9/KILL
/var/log/daemon.log:Jul  2 08:41:54 [server] systemd[1]: mariadb.service: A process of this unit has been killed by the OOM killer.
/var/log/daemon.log:Jul  2 08:41:54 [server] systemd[1]: mariadb.service: Main process exited, code=killed, status=9/KILL
/var/log/daemon.log.1:Jul  1 20:23:07 [server] systemd[1]: mariadb.service: A process of this unit has been killed by the OOM killer.
/var/log/daemon.log.1:Jul  1 20:23:08 [server] systemd[1]: mariadb.service: Main process exited, code=killed, status=9/KILL

Concernant sudo journalctl -xe --unit=mariadb.service , j’ai énormément de choses dedans.
Je cherche qqch de précis là dedans ? :confused:

Hey hey !
J’ai retenté un restore du backup et celui-ci est allé jusqu’au bout !!
Mon instance is back !

J’ai l’impression que j’ai un soucis de mémoire vive :

  • Msg OOEM jkiller (précédent message)
  • et dans Diagnosis, je vois : The system has 150 MiB (16%) RAM available (out of 965 MiB). Be careful.

J’ai assez peu d’app installée, et 1 seul utilisateur… Normal ? :thinking:
Bon, je vais voir pour augmenter la RAM avant de retenter la prochaine update !

… mais rassuré d’avoir récupéré mes données ! ^^

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