Merci pour vos réponses @Tho et @Aleks.
J’ai suivi ce qui est mentionné dans Tools_migrations_migrate failed because of a remaing earsed domain - #3 by Beurt et effectivement il y avait encore une référence à mon vieux nom de domaine dans /etc/yunohost/apps/nextcloud/settings.yml.
J’ai viré la ligne, et relancé la migration et… TOUT s’est bien passé ! MERCI. 
(À cette occasion j’ai vu qu’il était déconseillé de faire les mises à jour Nextcloud dans Nextcloud, mais plutôt passer par les MàJ fournies par Yunohost #oups)