Migration to 11 : debian is migrated to 11 but YNH is still in 4.4.2.3?

My YunoHost server

Hardware: Raspberry Pi 4 at home
YunoHost version: 4.4.2.3… but should be 11
I have access to my server : Through SSH & through the webadmin
Are you in a special context or did you perform some particular tweaking on your YunoHost instance ? : not that I’m aware of

Description of my issue

OK, so I finally solved this one while writing the post, but I post it nevertheless in case it may help (or if this is something that can be solved upstream)

Following some issues regarding the infamous libc6 vs libgcc8-dev packages issue, I finally manage to run the migration.
Here is the end of the log stating that as far as I can tell everything run smootly except that the “yunohost specific upgrade” part finishes nearly at the same time as it started:

2022-08-14 18:54:23,148: INFO - Mise à jour des paquets 'spécifiques' (liés a YunoHost)...
2022-08-14 18:54:31,808: WARNING - La mise à niveau spécifique à YunoHost se poursuivra en arrière-plan. Veuillez ne pas lancer d'autres actions sur votre serveur pendant les 10 prochaines minutes (selon la vitesse du matériel). Après cela, vous devrez peut-être vous reconnecter à la webadmin. Le journal de mise à niveau sera disponible dans Outils → Journal (dans le webadmin) ou en utilisant 'yunohost log list' (à partir de la ligne de commande).
2022-08-14 18:54:31,813: DEBUG - Running script :

((while [ -f /var/run/moulinette_yunohost.lock ]; do sleep 2; done) && DEBIAN_FRONTEND=noninteractive APT_LISTCHANGES_FRONTEND=none apt-get --fix-broken --show-upgraded --assume-yes --quiet -o=Dpkg::Use-Pty=0 -o Dpkg::Options::="--force-confold" -o Dpkg::Options::="--force-confmiss" -o Dpkg::Options::="--force-confdef" dist-upgrade 2>&1 | tee -a /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.log) \
&& (echo 'Done!' | tee -a /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.log && echo 'success: true' >> /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.yml) \
|| (echo 'Failed :(' | tee -a /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.log && echo 'success: false' >> /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.yml)

sed -i "s/ended_at: .*$/ended_at: $(date -u +'%Y-%m-%d %H:%M:%S.%N')/" /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.yml
apt-mark auto php7.4-fpm php7.4-common php7.4-ldap php7.4-intl php7.4-mysql php7.4-gd php7.4-curl php-php-gettext
rm -f /usr/sbin/policy-rc.d
echo 'Restarting nginx...' >&2
systemctl restart nginx

echo '
La mise à jour des paquets de YunoHost est finie !
Pressez [Entrée] pour revenir à la ligne de commande'

2022-08-14 18:54:31,833: SUCCESS - Migration 0021_migrate_to_bullseye terminée

However, when I connect to my server, it’s still in 4.4.2.3 even if the system itself is in debian bullseye :

root@YunoHost:~ # lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID:	Raspbian
Description:	Raspbian GNU/Linux 11 (bullseye)
Release:	11
Codename:	bullseye
root@YunoHost:~ # yunohost --version
yunohost: 
  repo: stable
  version: 4.4.2.3
yunohost-admin: 
  repo: stable
  version: 4.4.1
moulinette: 
  repo: stable
  version: 4.4.1
ssowat: 
  repo: stable
  version: 4.4.1

When I look at the migration menu in the webadmin, nothing is displayed.

However, system update menu shows me yunohost packages to be upgraded:

moulinette (de 4.4.1 à 11.0.9)
ssowat (de 4.4.1 à 11.0.9)
yunohost-admin (de 4.4.1 à 11.0.9)
yunohost (de 4.4.2.3 à 11.0.9.4)

So I ran the upgrade of the packages, and everything seems to be back it place…
I nevertheless wonder how this could happen?

What if you run the following manually then:

DEBIAN_FRONTEND=noninteractive APT_LISTCHANGES_FRONTEND=none apt-get --fix-broken --show-upgraded --assume-yes --quiet -o=Dpkg::Use-Pty=0 -o Dpkg::Options::="--force-confold" -o Dpkg::Options::="--force-confmiss" -o Dpkg::Options::="--force-confdef" dist-upgrade

(this is basically just a fancy apt dist-upgrade)

Well, I already upgraded via the upgrade menu from the UI, so it’s now running on 11.0.9.4 (stable), so it doesnt say much more :slight_smile: than “nothing to upgrade anymore, let’s have a beer”
My point was just to highlight this strange behavior, but there is no issue left.

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Alrighty then, but it would still be nice to investigate why it didnt do the upgrade right at the end of the migration

I see that the output was redirected to the log

Can you share the output of tail -n 150 /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.log ?

Ahah!
More info you’re right:

root@YunoHost:~ # tail -n 150 /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.log
2022-08-14 18:54:07,303: INFO - Mise à jour des paquets du système (non liés a YunoHost)...
2022-08-14 18:54:08,583: DEBUG - Running apt command :
DEBIAN_FRONTEND=noninteractive APT_LISTCHANGES_FRONTEND=none apt-get --fix-broken --show-upgraded --assume-yes --quiet -o=Dpkg::Use-Pty=0 -o Dpkg::Options::="--force-confold" -o Dpkg::Options::="--force-confmiss" -o Dpkg::Options::="--force-confdef" dist-upgrade
2022-08-14 18:54:08,885: INFO - + Lecture des listes de paquets…
2022-08-14 18:54:09,789: INFO - + Construction de l'arbre des dépendances…
2022-08-14 18:54:09,797: INFO - + Lecture des informations d'état…
2022-08-14 18:54:10,488: INFO - + Calcul de la mise à jour…
2022-08-14 18:54:11,227: INFO - + Le paquet suivant a été installé automatiquement et n'est plus nécessaire :
2022-08-14 18:54:11,232: INFO - +   libreadline7
2022-08-14 18:54:11,235: INFO - + Veuillez utiliser « apt autoremove » pour le supprimer.
2022-08-14 18:54:11,325: INFO - + Les paquets suivants seront ENLEVÉS :
2022-08-14 18:54:11,331: INFO - +   libgc1c2
2022-08-14 18:54:11,334: INFO - + Les NOUVEAUX paquets suivants seront installés :
2022-08-14 18:54:11,339: INFO - +   libgc1
2022-08-14 18:54:11,345: INFO - + Les paquets suivants ont été conservés :
2022-08-14 18:54:11,348: INFO - +   moulinette ssowat yunohost yunohost-admin
2022-08-14 18:54:11,354: INFO - + Les paquets suivants seront mis à jour :
2022-08-14 18:54:11,361: INFO - +   guile-2.2-libs
2022-08-14 18:54:11,921: INFO - + 1 mis à jour, 1 nouvellement installés, 1 à enlever et 4 non mis à jour.
2022-08-14 18:54:11,924: INFO - + Il est nécessaire de prendre 5 154 ko dans les archives.
2022-08-14 18:54:11,927: INFO - + Après cette opération, 44,0 ko d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
2022-08-14 18:54:11,931: INFO - + Réception de :1 http://mirrors.ircam.fr/pub/raspbian/raspbian bullseye/main armhf libgc1 armhf 1:8.0.4-3 [227 kB]
2022-08-14 18:54:12,099: INFO - + Réception de :2 http://raspbian.raspberrypi.org/raspbian bullseye/main armhf guile-2.2-libs armhf 2.2.7+1-6 [4 927 kB]
2022-08-14 18:54:15,473: INFO - + 5 154 ko réceptionnés en 1s (4 914 ko/s)
2022-08-14 18:54:15,632: WARNING - dpkg: libgc1c2:armhf : problème de dépendance, mais suppression comme demandé :
2022-08-14 18:54:15,634: WARNING -  guile-2.2-libs:armhf dépend de libgc1c2 (>= 1:7.4.2).
2022-08-14 18:54:15,636: DEBUG - 
2022-08-14 18:54:15,983: INFO - + (Lecture de la base de données... 106188 fichiers et répertoires déjà installés.)
2022-08-14 18:54:15,996: INFO - + Suppression de libgc1c2:armhf (1:7.6.4-0.4) ...
2022-08-14 18:54:16,341: INFO - + Sélection du paquet libgc1:armhf précédemment désélectionné.
2022-08-14 18:54:16,677: INFO - + (Lecture de la base de données... 106180 fichiers et répertoires déjà installés.)
2022-08-14 18:54:16,690: INFO - + Préparation du dépaquetage de .../libgc1_1%3a8.0.4-3_armhf.deb ...
2022-08-14 18:54:16,693: INFO - + Dépaquetage de libgc1:armhf (1:8.0.4-3) ...
2022-08-14 18:54:16,987: INFO - + Paramétrage de libgc1:armhf (1:8.0.4-3) ...
2022-08-14 18:54:17,549: INFO - + (Lecture de la base de données... 106189 fichiers et répertoires déjà installés.)
2022-08-14 18:54:17,562: INFO - + Préparation du dépaquetage de .../guile-2.2-libs_2.2.7+1-6_armhf.deb ...
2022-08-14 18:54:17,656: INFO - + Dépaquetage de guile-2.2-libs:armhf (2.2.7+1-6) sur (2.2.4+1-2+deb10u1) ...
2022-08-14 18:54:20,955: INFO - + Paramétrage de guile-2.2-libs:armhf (2.2.7+1-6) ...
2022-08-14 18:54:21,144: INFO - + Traitement des actions différées (« triggers ») pour libc-bin (2.31-13+rpt2+rpi1+deb11u3) ...
2022-08-14 18:54:23,148: INFO - Mise à jour des paquets 'spécifiques' (liés a YunoHost)...
2022-08-14 18:54:31,808: WARNING - La mise à niveau spécifique à YunoHost se poursuivra en arrière-plan. Veuillez ne pas lancer d'autres actions sur votre serveur pendant les 10 prochaines minutes (selon la vitesse du matériel). Après cela, vous devrez peut-être vous reconnecter à la webadmin. Le journal de mise à niveau sera disponible dans Outils → Journal (dans le webadmin) ou en utilisant 'yunohost log list' (à partir de la ligne de commande).
2022-08-14 18:54:31,813: DEBUG - Running script :

((while [ -f /var/run/moulinette_yunohost.lock ]; do sleep 2; done) && DEBIAN_FRONTEND=noninteractive APT_LISTCHANGES_FRONTEND=none apt-get --fix-broken --show-upgraded --assume-yes --quiet -o=Dpkg::Use-Pty=0 -o Dpkg::Options::="--force-confold" -o Dpkg::Options::="--force-confmiss" -o Dpkg::Options::="--force-confdef" dist-upgrade 2>&1 | tee -a /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.log) \
&& (echo 'Done!' | tee -a /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.log && echo 'success: true' >> /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.yml) \
|| (echo 'Failed :(' | tee -a /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.log && echo 'success: false' >> /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.yml)

sed -i "s/ended_at: .*$/ended_at: $(date -u +'%Y-%m-%d %H:%M:%S.%N')/" /var/log/yunohost/categories/operation/20220814-165407-tools_upgrade.yml
apt-mark auto php7.4-fpm php7.4-common php7.4-ldap php7.4-intl php7.4-mysql php7.4-gd php7.4-curl php-php-gettext
rm -f /usr/sbin/policy-rc.d
echo 'Restarting nginx...' >&2
systemctl restart nginx

echo '
La mise à jour des paquets de YunoHost est finie !
Pressez [Entrée] pour revenir à la ligne de commande'

2022-08-14 18:54:31,833: SUCCESS - Migration 0021_migrate_to_bullseye terminée
2022-08-14 18:54:31,929: DEBUG - Journal complet de cette opération : '<a href="#/tools/logs/20220814-160558-tools_migrations_migrate_forward" style="text-decoration:underline"> Exécuter les migrations </a>'
2022-08-14 18:54:32,885: DEBUG - Chargement de la migration 0016_php70_to_php73_pools...
2022-08-14 18:54:32,886: DEBUG - Chargement de la migration 0015_migrate_to_buster...
2022-08-14 18:54:32,886: DEBUG - Chargement de la migration 0020_ssh_sftp_permissions...
2022-08-14 18:54:32,887: DEBUG - Chargement de la migration 0021_migrate_to_bullseye...
2022-08-14 18:54:32,888: DEBUG - Chargement de la migration 0018_xtable_to_nftable...
2022-08-14 18:54:32,889: DEBUG - Chargement de la migration 0017_postgresql_9p6_to_11...
2022-08-14 18:54:32,889: DEBUG - Chargement de la migration 0019_extend_permissions_features...
2022-08-14 18:54:35,770: DEBUG - Chargement de la migration 0016_php70_to_php73_pools...
2022-08-14 18:54:35,771: DEBUG - Chargement de la migration 0015_migrate_to_buster...
2022-08-14 18:54:35,772: DEBUG - Chargement de la migration 0020_ssh_sftp_permissions...
2022-08-14 18:54:35,773: DEBUG - Chargement de la migration 0021_migrate_to_bullseye...
2022-08-14 18:54:35,773: DEBUG - Chargement de la migration 0018_xtable_to_nftable...
2022-08-14 18:54:35,774: DEBUG - Chargement de la migration 0017_postgresql_9p6_to_11...
2022-08-14 18:54:35,775: DEBUG - Chargement de la migration 0019_extend_permissions_features...
Lecture des listes de paquets…
Construction de l'arbre des dépendances…
Lecture des informations d'état…
Calcul de la mise à jour…
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
  bind9-utils bind9utils libreadline7 php-gettext python3-ply
  python3-publicsuffix
Veuillez utiliser « apt autoremove » pour les supprimer.
Les NOUVEAUX paquets suivants seront installés :
  python-is-python3 python3-publicsuffix2
Les paquets suivants seront mis à jour :
  moulinette ssowat yunohost yunohost-admin
4 mis à jour, 2 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
Il est nécessaire de prendre 8 825 ko dans les archives.
Après cette opération, 127 ko d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
Réception de :1 http://forge.yunohost.org/debian bullseye/stable armhf moulinette all 11.0.9 [72,6 kB]
Réception de :2 http://forge.yunohost.org/debian bullseye/stable armhf ssowat all 11.0.9 [761 kB]
Err :4 http://forge.yunohost.org/debian bullseye/stable armhf yunohost all 11.0.9.3
  404  Not Found [IP : 2001:910:1410::1 80]
Réception de :5 http://forge.yunohost.org/debian bullseye/stable armhf yunohost-admin all 11.0.9 [6 970 kB]
Réception de :3 http://mirrors.ircam.fr/pub/raspbian/raspbian bullseye/main armhf python3-publicsuffix2 all 2.20191221-2 [12,2 kB]
Réception de :6 http://mirrors.ircam.fr/pub/raspbian/raspbian bullseye/main armhf python-is-python3 all 3.9.2-1 [2 800 B]
7 818 ko réceptionnés en 1s (10,7 Mo/s)
E: Impossible de récupérer http://forge.yunohost.org/debian/pool/stable/y/yunohost/yunohost_11.0.9.3_all.deb  404  Not Found [IP : 2001:910:1410::1 80]
E: Impossible de récupérer certaines archives, peut-être devrez-vous lancer apt-get update ou essayer avec --fix-missing ?
Done!

It seems that there was a issue in the internet connection that did not reflect on the web UI…

Hmf what probably happened is that this happened right at the time when I rebuilded yunohost for vrsion 11.0.9.4 or .5 so the archive disappeared because old versions get deleted …

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Hi, I got the same problem with version 11.0.9.6 a few minutes ago, if it can help to confirm the diagnosis ! I also ran the upgrade of the system and everything seems to be fine

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