Jupyterlab dépendances manquantes?

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1

Mon serveur YunoHost

Matériel: olimex lime2
Version de YunoHost: 3.8.4.9
**J’ai accès à mon serveur :**tout
Êtes-vous dans un contexte particulier ou avez-vous effectué des modificiations particulières sur votre instance ? : non

Description du problème

impossible d’installer jupyterlab,
possible dépendance manquante

2020-06-22 08:23:56,008: DEBUG -     ************************************************
2020-06-22 08:23:56,010: DEBUG -     Using bundled libzmq
2020-06-22 08:23:56,011: DEBUG -     already have bundled/zeromq
2020-06-22 08:23:56,012: DEBUG -     already have platform.hpp
2020-06-22 08:23:56,014: DEBUG -     ************************************************
2020-06-22 08:23:56,015: DEBUG -     checking for timer_create
2020-06-22 08:23:56,017: DEBUG -     creating build/temp.linux-armv7l-3.5/tmp
2020-06-22 08:23:56,019: DEBUG -     arm-linux-gnueabihf-gcc -pthread -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -g -fdebug-prefix-map=/build/python3.5-QMv3zq/python3.5-3.5.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC -c /tmp/timer_createrpm1oqls.c -o build/temp.linux-armv7l-3.5/tmp/timer_createrpm1oqls.o
2020-06-22 08:23:56,020: DEBUG -     /tmp/timer_createrpm1oqls.c:1:1: warning: return type defaults to ‘int’ [-Wimplicit-int]
2020-06-22 08:23:56,022: DEBUG -      main (int argc, char **argv) {
2020-06-22 08:23:56,023: DEBUG -      ^~~~
2020-06-22 08:23:56,025: DEBUG -     /tmp/timer_createrpm1oqls.c: In function ‘main’:
2020-06-22 08:23:56,027: DEBUG -     /tmp/timer_createrpm1oqls.c:2:5: warning: implicit declaration of function ‘timer_create’ [-Wimplicit-function-declaration]
2020-06-22 08:23:56,029: DEBUG -          timer_create();
2020-06-22 08:23:56,031: DEBUG -          ^~~~~~~~~~~~
2020-06-22 08:23:56,033: DEBUG -     arm-linux-gnueabihf-gcc -pthread build/temp.linux-armv7l-3.5/tmp/timer_createrpm1oqls.o -o build/temp.linux-armv7l-3.5/a.out
2020-06-22 08:23:56,035: DEBUG -     build/temp.linux-armv7l-3.5/tmp/timer_createrpm1oqls.o: In function `main':
2020-06-22 08:23:56,037: DEBUG -     /tmp/timer_createrpm1oqls.c:2: undefined reference to `timer_create'
2020-06-22 08:23:56,038: DEBUG -     collect2: error: ld returned 1 exit status
2020-06-22 08:23:56,040: DEBUG -     no timer_create, linking librt
2020-06-22 08:23:56,042: DEBUG -     ************************************************
2020-06-22 08:23:56,043: DEBUG -     Fatal: Cython-generated file 'zmq/backend/cython/_device.c' not found.
2020-06-22 08:23:56,045: DEBUG -                     Cython >= 0.20 is required to compile pyzmq from a development branch.
2020-06-22 08:23:56,047: DEBUG -                     Please install Cython or download a release package of pyzmq.
2020-06-22 08:23:56,049: DEBUG - 
2020-06-22 08:23:56,051: DEBUG -     ----------------------------------------
2020-06-22 08:23:56,053: DEBUG - ERROR: Command errored out with exit status 1: /opt/jupyterlab/.venv/bin/python -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-axqhv1c0/pyzmq/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-axqhv1c0/pyzmq/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /tmp/pip-record-_qkk805r/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /opt/jupyterlab/.venv/include/site/python3.5/pyzmq Check the logs for full command output.
2020-06-22 08:23:56,056: DEBUG - 
2020-06-22 08:23:56,059: DEBUG - ✘ Installation Failed
2020-06-22 08:23:56,061: DEBUG - + ynh_exit_properly
2020-06-22 08:23:56,063: DEBUG - + local exit_code=1
2020-06-22 08:23:56,065: DEBUG - + '[' 1 -eq 0 ']'
2020-06-22 08:23:56,067: DEBUG - + trap '' EXIT
2020-06-22 08:23:56,070: DEBUG - + set +o errexit
2020-06-22 08:23:56,072: DEBUG - + set +o nounset
2020-06-22 08:23:56,075: DEBUG - + sleep 0.5
2020-06-22 08:23:59,097: DEBUG - + type -t ynh_clean_setup
2020-06-22 08:23:59,099: DEBUG - + ynh_clean_setup
2020-06-22 08:23:59,100: DEBUG - + ynh_clean_check_starting
2020-06-22 08:23:59,114: DEBUG - + '[' -n '' ']'
2020-06-22 08:23:59,134: DEBUG - + '[' -n '' ']'
2020-06-22 08:23:59,146: DEBUG - + exit 1
2020-06-22 08:23:59,285: ERROR - Impossible d’installer jupyterlab : Une erreur est survenue dans le script d’installation de l’application

EDIT: même après l’installation amnuelle de cython, même erreur

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Bonjour,

Je pense qu’en installant pyzmq ça devrait suffir.
Peux-tu essayer d’installer jupyterlab avec mon fix:

sudo yunohost app install https://github.com/YunoHost-Apps/jupyterlab_ynh/tree/install-pyzmq --debug

Si ça fonctionne je mergerais

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@Kayou
même problème semble-t-il:
https://paste.yunohost.org/raw/sanofukuma
un problème dans le paquet lui-même ou bien de l’app elle-même?

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Visiblement une dépendance qui manquait à une dépendance :slight_smile:

J’ai ajouté libzmq3-dev aux dépendances, peux-tu réessayer de l’installer avec la commande ci-dessus?

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@Kayou toujours un problème au même endroit donc encore une sous dépendance j’imagine ?
https://paste.yunohost.org/raw/sorokoxezo

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Ce n’est pas tout à fait la même erreur:

fatal error: Python.h: No such file or directory

J’ai ajouté une autre dépendance (python3-dev), voyons voir si ça fonctionne mieux maintenant.

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my bad je lis pas les messages d’erreur assez haut.
Je pense que ça devrait fonctionner mais pour le moment ça plante sur mon olimex, ça remplit la RAM et la swap comme le fait l’installation d’etherpad. Donc je dois régler ça pour m’assurer que ça peut aller jusqu’à la fin

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@Kayou tu peux merge. C’étaient bien toutes ces dépendances là qui manquaient. Ca vient de s’installer correctement après quelques tweaks poru que ça plante pas en cours de route
Thanks

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Merci pour le retour et le temps passé!

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