Pour information, la version 2.5, actuellement en phase de bêta-test, inclut directement Let’s Encrypt: YunoHost 2.5.0 Beta - Call for beta-testers and translators
Attention, désinstaller l’ancienne application avant. (Pour une installation manuelle, aucune idée, mais je suppose qu’il faut supprimer les certificats - à vérifier).