Erreurs récurrentes avec apt update

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I have searched the forum for similar issues

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This category is for general issues(=something is broken) regarding YunoHost, NOT apps.

on

This form is written in English but feel free to write in French if you’re more comfortable!

on

What type of hardware are you using

VPS bought online

What YunoHost version are you running

YunoHost 12.1.41.2 (stable).

How are you able to access your server

SSH

Are you in a special context or did you perform specific tweaking on your YunoHost instance ?

Réinstallation complète du serveur suite à un plantage monumental.

Describe your issue

Il y a quelques jours, j’ai dû tout réinstallé suite à un plantage.
Restauré toutes les applications et tout fonctionne parfaitement…
Enfin, mis à part ces problèmes récurrents qui réapparaissent tous les 3 ou 4 jours environs.

Un ping depuis mon serveur et voici le résultat :

ping -c 6 packages.sury.org
PING packages.sury.org(2a04:4e42:30::820 (2a04:4e42:30::820)) 56 data bytes

--- packages.sury.org ping statistics ---
6 packets transmitted, 0 received, 100% packet loss, time 5125ms

Un autre ping depuis mon serveur concernant cette erreur :

Connexion à debian.map.fastly.net: 443 (2a04:4e42:30::644) impossible, délai de connexion dépassé Connexion à debian.map.fastly.net: 443 (151.101.206.132) impossible, délai de connexion dépassé Impossible de se connecter à deb.debian.org:https :

Résultat :

ping -c 6 debian.map.fastly.net
PING debian.map.fastly.net(2a04:4e42:30::644 (2a04:4e42:30::644)) 56 data bytes

--- debian.map.fastly.net ping statistics ---
6 packets transmitted, 0 received, 100% packet loss, time 5100ms

Malgré les solutions trouvées sur le forum, ça règle les problèmes pour quelques jours, mais ces erreurs réapparaissent au bout de 3 ou 4 jours environs.

Comment faire pour que cela ne soit plus récurrent ?

Share relevant logs or error messages

apt update
Réception de :1 file:/etc/apt/mirrors/debian.list Mirrorlist [30 B]
Réception de :2 file:/etc/apt/mirrors/debian-security.list Mirrorlist [39 B]
Atteint :8 https://dl.yarnpkg.com/debian stable InRelease
Atteint :7 Index of /debian/ bookworm InRelease
Ign :9 Index of /php/ bookworm InRelease
Ign :3 Index of /debian bookworm InRelease
Ign :4 Index of /debian bookworm-updates InRelease
Ign :5 Index of /debian bookworm-backports InRelease
Ign :6 https://deb.debian.org/debian-security bookworm-security InRelease
Ign :9 Index of /php/ bookworm InRelease
Ign :3 Index of /debian bookworm InRelease
Ign :4 Index of /debian bookworm-updates InRelease
Ign :5 Index of /debian bookworm-backports InRelease
Ign :6 https://deb.debian.org/debian-security bookworm-security InRelease
Ign :9 Index of /php/ bookworm InRelease
Ign :3 Index of /debian bookworm InRelease
Ign :4 Index of /debian bookworm-updates InRelease
Ign :5 Index of /debian bookworm-backports InRelease
Ign :6 https://deb.debian.org/debian-security bookworm-security InRelease
Err :9 Index of /php/ bookworm InRelease
Connexion à packages.sury.org: 443 (2a04:4e42:30::820) impossible, délai de connexion dépassé Connexion à packages.sury.org: 443 (151.101.207.52) impossible, délai de connexion dépassé
Err :3 Index of /debian bookworm InRelease
Connexion à debian.map.fastly.net: 443 (2a04:4e42:30::644) impossible, délai de connexion dépassé Connexion à debian.map.fastly.net: 443 (151.101.206.132) impossible, délai de connexion dépassé Impossible de se connecter à deb.debian.org:https :
Err :4 Index of /debian bookworm-updates InRelease
Impossible de se connecter à deb.debian.org:https :
Err :5 Index of /debian bookworm-backports InRelease
Impossible de se connecter à deb.debian.org:https :
Err :6 https://deb.debian.org/debian-security bookworm-security InRelease
Impossible de se connecter à deb.debian.org:https :
Lecture des listes de paquets… Fait
Construction de l’arbre des dépendances… Fait
Lecture des informations d’état… Fait
Tous les paquets sont à jour.
W: Impossible de récupérer mirror+file:/etc/apt/mirrors/debian.list/dists/bookworm/InRelease Connexion à debian.map.fastly.net: 443 (2a04:4e42:30::644) impossible, délai de connexion dépassé Connexion à debian.map.fastly.net: 443 (151.101.206.132) impossible, délai de connexion dépassé Impossible de se connecter à deb.debian.org:https :
W: Impossible de récupérer mirror+file:/etc/apt/mirrors/debian.list/dists/bookworm-updates/InRelease Impossible de se connecter à deb.debian.org:https :
W: Impossible de récupérer mirror+file:/etc/apt/mirrors/debian.list/dists/bookworm-backports/InRelease Impossible de se connecter à deb.debian.org:https :
W: Impossible de récupérer mirror+file:/etc/apt/mirrors/debian-security.list/dists/bookworm-security/InRelease Impossible de se connecter à deb.debian.org:https :
W: Impossible de récupérer https://packages.sury.org/php/dists/bookworm/InRelease Connexion à packages.sury.org: 443 (2a04:4e42:30::820) impossible, délai de connexion dépassé Connexion à packages.sury.org: 443 (151.101.207.52) impossible, délai de connexion dépassé
W: Le téléchargement de quelques fichiers d’index a échoué, ils ont été ignorés, ou les anciens ont été utilisés à la place.

2

Solution utilisée et résultat :

yunohost tools regen-conf apt -f
SUCCESS La configuration a été mise à jour pour 'apt'
apt: 
  applied: 
    /etc/apt/sources.list.d/extra_php_version.list: 
      status: force-created
    /etc/apt/sources.list.d/yarn.list: 
      status: force-created
  pending:

Puis, à nouveau apt update, mais il y a cette erreur :

Connexion à debian.map.fastly.net

connexion-debian.map.fastly
connexion-debian.map.fastly793×141 26.8 KB

debian.map.fastly
debian.map.fastly1079×180 21.2 KB

3

Donc le même problème se pose avec un ping sur ipv4 et sur ipv6 ?

ping -4 -c 6 debian.map.fastly.net
ping -6 -c 6 debian.map.fastly.net
4

La solution qui fonctionne est de redémarrer le serveur,

rm -v /etc/apt/sources.list.d/yarn.list
rm -v /etc/apt/trusted.gpg.d/yarn.gpg
rm -v /etc/apt/sources.list.d/extra_php_version.list
rm -v /etc/apt/trusted.gpg.d/extra_php_version.gpg

Puis :

yunohost tools regen-conf apt -f

apt update
Réception de :1 file:/etc/apt/mirrors/debian.list Mirrorlist [30 B]
Réception de :2 file:/etc/apt/mirrors/debian-security.list Mirrorlist [39 B]                                       
Atteint :7 https://dl.yarnpkg.com/debian stable InRelease                                                                 
Atteint :3 https://deb.debian.org/debian bookworm InRelease                                                               
Atteint :4 https://deb.debian.org/debian bookworm-updates InRelease                         
Atteint :5 https://deb.debian.org/debian bookworm-backports InRelease
Atteint :8 https://forge.yunohost.org/debian bookworm InRelease      
Atteint :6 https://deb.debian.org/debian-security bookworm-security InRelease
Atteint :9 https://packages.sury.org/php bookworm InRelease          
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances... Fait
Lecture des informations d'état... Fait      
Tous les paquets sont à jour.

Ce n’est pas normal de procéder ainsi :thinking:

5

Le serveur a une ipv6 fixe ?

6

Oui

7

En moins de 24 heures, une erreur revient.

En moins de 24 heures - Mises à jour YunoHost Admin
En moins de 24 heures - Mises à jour YunoHost Admin417×1027 77.7 KB

Vu que ce problème se répète souvent, je n’ai pas d’autre choix que de procéder à une réinstallation complète du serveur.
Je vais donc mettre comme résolu.

8

Bon, hé ben… comment dire ça.
Malgré une réinstallation complète.
La mal est toujours présent.

Recherche des mises à jour système et du catalogue d'applications en cours
2
YunoHost a rencontré une erreur interne
Vraiment désolé de cela.
Vous devez chercher de l'aide sur le forum ou le chat pour corriger la situation, ou signaler le bug sur le bugtracker.
Les informations suivantes peuvent être utiles à la personne qui vous aide :

Erreur: "500"

Action: "PUT" /yunohost/api/update/all

Message d'erreur :
Impossible de mettre à jour le cache APT (gestionnaire de paquets Debian). Voici un extrait du fichier sources.list qui pourrait vous aider à identifier les lignes problématiques :
sources.list.d/yarn.list:deb [signed-by=/etc/apt/trusted.gpg.d/yarn.gpg] https://dl.yarnpkg.com/debian/ stable main
sources.list.d/yunohost.list:deb [signed-by=/usr/share/keyrings/yunohost-bookworm.gpg] http://forge.yunohost.org/debian/ bookworm stable
sources.list.d/extra_php_version.list:deb [signed-by=/etc/apt/trusted.gpg.d/extra_php_version.gpg] https://packages.sury.org/php/ bookworm main
sources.list.d/debian.sources:Types: deb deb-src
sources.list.d/debian.sources:URIs: mirror+file:///etc/apt/mirrors/debian.list
sources.list.d/debian.sources:Suites: bookworm bookworm-updates bookworm-backports
sources.list.d/debian.sources:Components: main contrib non-free-firmware
sources.list.d/debian.sources:Signed-By: /usr/share/keyrings/debian-archive-keyring.gpg
sources.list.d/debian.sources:Types: deb deb-src
sources.list.d/debian.sources:URIs: mirror+file:///etc/apt/mirrors/debian-security.list
sources.list.d/debian.sources:Suites: bookworm-security
sources.list.d/debian.sources:Components: main contrib non-free-firmware
sources.list.d/debian.sources:Signed-By: /usr/share/keyrings/debian-archive-keyring.gpg

Pendant le traitement de l'action, le serveur a dit :
Récupération des mises à jour disponibles pour les paquets du système…
E: Failed to fetch https://packages.sury.org/php/dists/bookworm/InRelease Could not connect to packages.sury.org:443 (2a04:4e42:30::820), connection timed out Could not connect to packages.sury.org:443 (151.101.207.52), connection timed out
9

Que donne un

curl -v https://packages.sury.org/php/dists/bookworm/InRelease

?

10

@JfmbLinux
As-tu quelque chose qui pourrait influer sur les règles de nftables (une blacklist)? Utilises-tu nft-blacklist par exemple ? Si c’est le cas, ce pourrait être intéressant d’ajouter dans la custom allow list

151.101.207.52
2a04:4e42:8e::/48

relancer nftables-blacklist et retenter l’update.

Autre piste : peut-être un script perso pour les règles de nftables avec une règle à modifier ?
EDIT: l’ip est bien dans le range des ip bloquées par la liste utilisées par ce script.

11

Voilà ce que ça donne

curl -v https://packages.sury.org/php/dists/bookworm/InRelease

*   Trying [2a04:4e42:30::820]:443...
*   Trying 151.101.207.52:443...
* connect to 2a04:4e42:30::820 port 443 failed: Connexion terminée par expiration du délai d'attente
* connect to 151.101.207.52 port 443 failed: Connexion terminée par expiration du délai d'attente
* Failed to connect to packages.sury.org port 443 after 129926 ms: Couldn't connect to server
* Closing connection 0
curl: (28) Failed to connect to packages.sury.org port 443 after 129926 ms: Couldn't connect to server
12

Tu parles de l’app nftables blacklist ?

Comment je procède pour mettre ça dans la custom allow list ?

151.101.207.52
2a04:4e42:8e::/48
13

J’utilise justement ce script et je sais qu’il y a certains pays qu’il ne faut pas bloquer.

14

Neutralise / supprime :

                151.101.204.0-151.101.207.255 : $NL,

dans (a priori)

/etc/nftables.d/10-geoip-ipv4.conf

et

systemctl reload nftables
15

J’ai supprimé, rechargé nftables, relancé la commande :

curl -v https://packages.sury.org/php/dists/bookworm/InRelease

*   Trying [2a04:4e42:30::820]:443...
* Connected to packages.sury.org (2a04:4e42:30::820) port 443 (#0)
* ALPN: offers h2,http/1.1
* TLSv1.3 (OUT), TLS handshake, Client hello (1):
*  CAfile: /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt
*  CApath: /etc/ssl/certs

xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

> GET /php/dists/bookworm/InRelease HTTP/2
> Host: packages.sury.org
> user-agent: curl/7.88.1
> accept: */*

xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE-----
-----BEGIN PGP SIGNATURE-----
-----END PGP SIGNATURE-----
* Connection #0 to host packages.sury.org left intact

J’ai limité le nombre d’info à mettre ici, mais ça donne un résultat.

16

Le apt update ne devrait plus poser problème.

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Effectivement, et je me rends compte que j’ai provoqué cette erreur sans faire attention.
J’ai dû faire la connerie, mais je ne me souviens pas/plus comment :roll_eyes:
Je suis sincèrement désolé pour ce dérangement :pensive_face:
Un grand merci pour ton aide.

PS : je vais noter ces dernières notes, on ne sait jamais :sweat_smile:

Merci…

18

J’aurais dû clarifier dans le script qu’il ne faut pas copier coller la liste des codes comme elle est. J’avais mis NL dans l’example à l’époque parce que j’avais des tentatives d’authentification en grand nombre venant d’adresses ip de Netherlands (en utilisant ce script Linux-scripts/yunohost/mail-report at main · DeMiro5001/Linux-scripts · GitHub)
J’ai mis à jour la section correspondante

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Je pense qu’il n’y a pas de problème en soi et que, @JfmbLinux , on se retrouve peu ou prou tous un jour ou l’autre dans ce genre de situation, à avoir oublié que le truc installé il y a X années peut avoir des répercussions Y mois plus tard. Pas de quoi s’en vouloir :wink: