Augmenter la taille du disque dur virtuel yunohost après l'augmentation dans virtualbox

bugsfunny · April 21, 2021, 12:30pm

Bonjour à tous,

Serveur (matériel): Mac (10.14) à la maison. Yunohost (à jour) qui tourne sous VirtualBox.
Accès: Direct + ssh + webadmin.

J’ai installé Yunohost initialement pour tester. Et puis, vous savez comment ça se passe, on s’habitue et voilà.
Donc au début j’avais dimensionné ma machine virtuelle à 8 ou16 Go. Mais je me suis retrouvé à ne plus pouvoir installer d’application ni de mise à jour car le système m’indiquait que le disque était plein. Donc j’ai fait quelques nettoyages et j’ai pu faire les mises à jour. Mais rapidement j’ai retrouvé le message de disque plein.
J’ai donc décidé d’augmenter la taille de ma machine virtuelle sous Virtualbox pour la passer à 32 Go.

En cherchant un peu sur le net, je me suis rendu compte que ça ne suffit pas. Il faut indiquer au système qu’il dispose de davantage de place sur le disque virtuel initial pour qu’il les prenne en compte. C’est là que mon savoir faire s’arrête. J’ai vu que la solution passe sans doute par fidsk ou gparted mais je ne sais pas comment les utiliser sans prendre le risque de tout casser. Je voudrais aussi éviter d’avoir à réinstaller le applications déjà installées.

Pour info, voici ce que j’obtiens quand je lance un lsblk

NAME MAJ:MIN RM SIZE RO TYPE MOUNTPOINT
sda 8:0 0 8G 0 disk
├─sda1 8:1 0 243M 0 part /boot
├─sda2 8:2 0 1K 0 part
└─sda5 8:5 0 7,8G 0 part
├─system-root 254:0 0 6,8G 0 lvm /
└─system-swap 254:1 0 976M 0 lvm [SWAP]
sr0 11:0 1 1024M 0 rom

Et ce que j’obtiens avec un df -h

Sys. de fichiers Taille Utilisé Dispo Uti% Monté sur
udev 978M 0 978M 0% /dev
tmpfs 200M 21M 179M 11% /run
/dev/mapper/system-root 6,7G 5,7G 629M 91% /
tmpfs 998M 20K 998M 1% /dev/shm
tmpfs 5,0M 0 5,0M 0% /run/lock
tmpfs 998M 0 998M 0% /sys/fs/cgroup
/dev/sda1 232M 103M 113M 48% /boot
tmpfs 200M 0 200M 0% /run/user/0
tmpfs 200M 0 200M 0% /run/user/1007

Merci pour votre aide.
Bugs.

Mamie · April 21, 2021, 1:03pm

Si je ne trompe pas, la dernière fois que j’ai fait une manip de ce genre, j’ai booté la machine virtuelle sur un live CD, et depuis lui, via GParted, j’ai agrandi la partition.
De mémoire j’ai eu un soucis parce que le disque était déjà partitionné et que la partition que je voulais élargir n’était pas la dernière, du coup attention.
Si je me souviens bien, j’ai du supprimer la dernière partition (c’était le Swap, heureusement), élargir celle qui m’intéressait, et re-créer le swap.
Je ne sais plus si j’ai du faire d’autres manip pour que le système s’y retrouve sans soucis, du coup fais des sauvegardes avant de tenter ce genre de manipulations.

bugsfunny · April 21, 2021, 1:23pm

Merci pour la mise en garde. Effectivement, c’est une démarche sûre que je voudrais connaître. J’ai déjà fait une screenshot image dans virtualbox mais si possible j’aimerai entreprendre quelque chose de sûr pour la partition. Déjà que même quand c’est maitrisé il y a parfois des impondérables…

bugsfunny · April 26, 2021, 10:45pm

Bonsoir,

J’ai un peu progressé dans ma connaissance de fdisk avec une seule partition. Mais je vois que dans mon cas, il y a en plus une partition étendue et une autre partition lvm. Et je crains de faire des bêtises.

En particulier je ne suis pas certain de savoir quelle partition je dois étendre (entre étendue, lvm… )

Périphérique Amorçage Début Fin Secteurs Taille Id Type
/dev/sda1 * 2048 499711 497664 243M 83 Linux
/dev/sda2 501758 16775167 16273410 7,8G 5 Étendue
/dev/sda5 501760 16775167 16273408 7,8G 8e LVM Linux

Personne pour me guider ?
Merci.

nath5394 · April 27, 2021, 2:26pm

Bonjour @bugsfunny franchement je pense que le plus simple sera pour toi de charger l’iso de GParted, de démarrer la VM dessus et de faire là le redimensionnement. Ensuite tu éteins la VM, retire l’iso, et ça repart
PS : je ne connais pas assez bien par coeur toutes les commandes pour faire ça en ligne de commande

bugsfunny · April 27, 2021, 2:46pm

Bonjour,
Merci pour votre réponse.

Alors c’est exactement ce que j’ai fait ce matin. J’ai installé une VM de GParted. J’ai augmenté la partition de 8 à 32Go et j’ai validé. Quand j’actualise dans GParted, j’ai bien la partition étendue et la LVM à 32Go.

Du coup j’ai éteint ma VM Gparted et j’ai relancé la VM Yunohost. Mais quand je fais un lsblk il est toujours à 8Go. J’ai même tenté un sudo touch /forcefsck puis un 2ième redémarrage de la VM Yunohost mais rien. Il est toujours à 8Go

Il y a une autre manip à faire ?
Merci pour votre aide en tout cas.

nath5394 · April 28, 2021, 5:51pm

Bonsoir, je suis étonné que ça ne fonctionne pas…
Juste une précision : est-ce que tu as bien démarré GParted à partir de l’ISO sur la VM de Yunohost ?

Il ne faut pas installer une VM avec GParted (à moins de changer le disque dur virtuel de VM, mais je trouve que ça complique inutilement). L’idée est que l’on insère virtuellement un CD (le fichier ISO de GParted) dans le serveur Yunohost (enfin la VM) et qu’on démarre dessus. Là on devrait voir le disque dur de Yunohost et pouvoir effectuer les opérations de redimensionnement.

bugsfunny · April 28, 2021, 6:16pm

Bonsoir,

Merci pour votre réponse.
En fait j’ai fait comme sur cette vidéo:

Mais quand je lance Gparted, je vois bien ma partition Yunohost qui est bien passée à 32Go.

En fait je pense que je n’ai pas fait comme vous l’indiquez. Je pensais au contraire que c’était plus simple d’avoir une VM Gparted autonnome plutôt que de l’avoir dans Yunohost.

bugsfunny · April 28, 2021, 8:20pm

Alors je viens de tenter la logique que vous avez mentionnée.

J’ai attaché le CD Gparted à la VM Yunohost qui me pose problème. J’ai booté et GParted se lance tout seul. Le boot par défaut repère le CD. C’est très bien mais je ne l’ai pas fait exprès. Je m’apprêtais à le lancer depuis la ligne de commande en cherchant un peu. Bon finalement, GParted est bien lancé.
Mais le truc c’est que GParted ne voit pas au delà des 8Go de Yunohost. Il n’y a qu’1Mo de libre. Les 24 Go qui devraient être disponibles ne sont pas vues par GParted dans cette configuration.

Le mystère s’épaissit…
Encore une fois si quelqu’un y voit clair là dedans, je suis preneur.

Krakinou · April 29, 2021, 6:01am

Hello,
Il y a 3 étapes pour étendre le disque dans une vm:
1/étendre le disque virtuel avec virtualmanager
2/ étendre la partition avec gparted par exemple, sachant que tu peux avoir à étendre la partition logique également
3/ étendre le filesystem avec rsize2fs

Tu peux trouver pas mal de tuto sur internet pour ça: par exemple https://fabianlee.org/2016/07/26/ubuntu-extending-a-virtualized-disk-when-using-lvm/

bugsfunny · April 29, 2021, 2:58pm

Bonjour,
@Krakinou
C’est bien ce que j’ai fait. Cependant quand je fais le resize2fs à la fin, il me répond:

resize2fs: device or resource busy while trying to open

Donc il doit encore me manquer quelque chose…

bugsfunny · April 29, 2021, 10:30pm

Je viens d’étudier le tuto mentionné dans votre lien et je commence à être un peu perdu.

Déjà, jusqu’ici, je croyais que GParted et fdisk jouaient le même rôle. Désormais je n’en suis plus sûr. Est ce que quelqu’un peut me confirmer dans un sens ou dans l’autre ? Déjà, ça m’éclairerait.

Pour comprendre, au moins ça, j’ai donc recréé un yunohost de test nommé yunohost32 pour 32 Go. J’essaie de l’étendre à 40.

J’ai augmenté la taille de l’espace allouée en commençant par Virtualbox manage media. Au passage, comment nomme t ton ce que l’on modifie à ce niveau ? Partition physique ?
J’ai utilisé GParted pour passer de 32 à 40 Go successivement la partition extended et de la partition lvm. En effet il y a deux couches dans le dessin de la partition GParted. Bien sûr, j’ai validé.

Quand je fais un fdisk -l, il voit bien 40 go sur mon /dev/sda

Le lsblk donne ceci: (Le sda est bien à 40Go)

NAME MAJ:MIN RM SIZE RO TYPE MOUNTPOINT
sda 8:0 0 40G 0 disk
├─sda1 8:1 0 243M 0 part /boot
├─sda2 8:2 0 1K 0 part
└─sda5 8:5 0 39,8G 0 part
├─system-root 254:0 0 30,8G 0 lvm /
└─system-swap 254:1 0 976M 0 lvm [SWAP]
sr0 11:0 1 387M 0 rom

Le df -h lui reste à 32 Goi

Sys. de fichiers Taille Utilisé Dispo Uti% Monté sur
udev 474M 0 474M 0% /dev
tmpfs 99M 3,1M 96M 4% /run
/dev/mapper/system-root 31G 2,5G 27G 9% /
tmpfs 494M 0 494M 0% /dev/shm
tmpfs 5,0M 0 5,0M 0% /run/lock
tmpfs 494M 0 494M 0% /sys/fs/cgroup
/dev/sda1 232M 103M 113M 48% /boot
tmpfs 99M 0 99M 0% /run/user/1007

Le vgs voit 40 Go

VG #PV #LV #SN Attr VSize VFree
system 1 2 0 wz–n- <39,76g 8,00g

Dans le détail, vgdisplay aussi. (Mais je note que contrairement à ce qui se passe dans le tuto que vous mentionnez, l’allocation PE reste à 32: => “Alloc PE / Size 8130 / <31,76 GiB”

VG Name system
System ID
Format lvm2
Metadata Areas 1
Metadata Sequence No 4
VG Access read/write
VG Status resizable
MAX LV 0
Cur LV 2
Open LV 2
Max PV 0
Cur PV 1
Act PV 1
VG Size <39,76 GiB
PE Size 4,00 MiB
Total PE 10178
Alloc PE / Size 8130 / <31,76 GiB
Free PE / Size 2048 / 8,00 GiB
VG UUID lK3UDO-bYw7-br7X-sGu7-QdPy-BInT-vbaEDa

En revanche les pvs et pvdisplay sont à 40 Go

PV VG Fmt Attr PSize PFree
/dev/sda5 system lvm2 a-- <39,76g 8,00g

pvdisplay

PV Name /dev/sda5
VG Name system
PV Size <39,76 GiB / not usable 0
Allocatable yes
PE Size 4,00 MiB
Total PE 10178
Free PE 2048
Allocated PE 8130
PV UUID yYpPy8-ThlW-XWMa-nGuZ-tcUP-CfBn-d1gUtq

Enfin, les lvs et lvdisplay sont à 32 Go

root system -wi-ao---- 30,80g
swap system -wi-ao---- 976,00m

D’après votre tuto, il faudrait enchainer sur une intervention avec fdisk. Or, il me semble que ce qui est décrit correspond à ce que je viens de faire avec GParted.

Ensuite le Tuto enchaîne avec la création, extension de la Lvm, ce que j’ai déjà fait dans GParted (la fameuse deuxième couche).

Il ne reste donc plus qu’à faire la dernière partie, resize2fs. Or, elle ne passe pas. J’obtiens l’erreur que j’ai mentionné dans mon message précédent.

Est ce que quelqu’un y comprend quelque chose ?

PS:
D’ailleurs quand je fais un fdisk pour tenter un ajout de partition avec n, il me répond:

Commande (m pour l’aide) : n
Tout l’espace des partitions primaires est utilisé.
Ajout de la partition logique 6
Aucun secteur libre disponible.

Donc c’est bien logique avec ce que j’ai fait avec GParted. Rien à faire parce que c’est déjà fait.

Egalement si je tente un pvcreate /dev/sda3 j’obtiens:

Device /dev/sda3 not found.

Il semble qu’avec fdisk le tuto créé un sd3 alors qu’avec GParted, j’ai étendu un espace sans créer de sd3. Or ce que je voulais c’est bien étendre l’espace comme je pensais l’avoir fait avec GParted.

Autre curiosité, dans GParted, on ne voit pas les partitions de root ou de swap comme dans fdisk et c’est peut être ça qui pose problème.

bugsfunny · April 30, 2021, 10:48pm

Je viens de faire un test sur une nouvelle (encore) VM de Yunohost pour faire un test. Je l’ai créé à 8Go pour faire une extension à 12Go en utilisant le tuto mentionné plus haut.

Ca fonctionne. Déjà, c’est un bon point.
Mais ça ne correspond pas du tout à ce que je faisais avec GParted. Quand je compare à la fois en cours de route et le résultat final, il y a des différences sensibles.
Avec GParted, je faisais une extension de la partition existante.
Avec le tuto qui utilise fdisk, le résultat n’est absolument pas identique. Une nouvelle partition est crée dans la partie vide. Puis elle est formaté indépendamment. Dans GParted on voit bien que la sd3 est dissociée du reste contrairement à ce que je faisais (et que je souhaite faire).
En fait c’est comme si j’avais ajouté un disque externe et rattaché le lien symbolique à la partition système. Au final, j’obtiens une partition système localisée à deux endroits.

Donc ce test fonctionne avec deux partition liées mais ça n’explique pas pourquoi une partition simplement étendue ne fonctionne pas. Et j’aimerais quand même comprendre ça pour récupérer mon système initial.

Quelqu’un sait ça ici ?

bugsfunny · May 1, 2021, 3:29pm

Bon, je crois que j’ai résolu mon problème dans le cas de l’extension de disque.

Au passage ce serait pas mal d’avoir une page yunohost qui résume les paramètres systèmes.

La dernière chose, quand je fais un resize2fs à la fin, j’ai un message d’erreur qui dit ceci:

resize2fs 1.44.5
Filesystem at /dev/system/root is mounted on /; on-line resizing required
old_desc_blocks = 4, new_desc_blocks = 5
The filesystem on /dev/system/root is now 10172416 (4k) blocks long

Mais quand je fais un df -h et un lsblk après, ils affichent la bonne taille.

sda 8:0 0 40G 0 disk
├─sda1 8:1 0 243M 0 part /boot
├─sda2 8:2 0 1K 0 part
└─sda5 8:5 0 39,8G 0 part
├─system-root 254:0 0 38,8G 0 lvm /
└─system-swap 254:1 0 976M 0 lvm [SWAP]
sr0 11:0 1 387M 0 rom

Quelles sont les conséquences de l’erreur affichée par le resize2fs ?

system · May 16, 2021, 3:29pm

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