Salut,
Les changements apportés à la conf n’arriverons qu’après lancement manuel (ou ‘skip’) de la migration, donc tu peux dans tous les cas mettre à jour ton serveur quand même.
Le ‘disclaimer’ de la migration t’indiquera les changements importants, notamment si il y a un retour au port par défaut. Dans ce cas, il faut que le port 22 puisse être accessible … A part ça, tu devrais pouvoir te logger en admin (avec le mot de passe correspondant).
Ensuite, tu peux re-changer le port dans la conf si tu le souhaites, ou bien avant tout ça de skip la migration pour garder ta conf en l’état. Dans ces deux cas, si le fichier n’est pas conforme à la recommendation de yunohost, il sera considéré comme “modifié manuellement” et donc non mis à jour.
J’espère que ça réponds à la question 