Bigre, j’ai trouvé !
Lorsqu’on modifie de domaine principal pour basculer sur un domaine ayant une appli à la racine, la ligne unprotected_uris: / apparaît dans la configuration de l’application (/etc/yunohost/apps/nextcloud/settings.yml par exemple pour Nextcloud).
Solution : supprimer cette ligne puis lancer.
sudo yunohost app ssowatconf