Ah ben voilà ça a marché en fait \o/
Donc pour résumer, j’ai juste modifié la façon de faire la redirection web sur mon interface Gandi : au lieu d’utiliser le truc automatique de redirection web, j’ai créé dans ma zone DNS des enregistrements de type A qui redirige le sous-domaine que j’utilise pour yunohost vers l’IP publique de mon serveur.
Ensuite j’ai utilisé la commande de config de letsencrypt en ajoutant l’option pour ne pas vérifier l’enregistrement DNS :
yunohost domain cert-install your.domain.tld --no-checks
(je ne sais pas si je n’ai pas patienté assez pour la propagation de mes enregistrements, mais ça ne marchait pas sans cette option)
Bref, merci @CaptainSqrt2 pour ton aide, et merci à toute l’équipe pour le super boulot que vous faites 