Salut,
oui, avec Yunohost ton système reste ACAB hackable et tu peux bidouiller à la main, bien que bidouiller à la main augmente le risque de problèmes plus tard (par exemple si tu bricoles des fichiers de conf des apps déjà installer, etc…).
Néanmoins dans le cas précis et en regardant le tuto, ça a l’air surprenamment simple à déployer, il “suffit” d’éditer le fichier /etc/nginx/nginx.conf comme indiqué (peut⁻être que ça peut déclencher des problèmes plus tard, mais a priori, ça devrait aller). En tout cas en terme pédagogiques, ça ressemble à un bon truc pour apprendre un peu plus à bidouiller un serveur 
Edit: oublié de mentionner que visiblement le module nginx qu’il faut installer n’est pas dispo pour stretch, même si il est dispo dans les stretch-backports : Debian -- Error . Il te faudra donc installer les stretch-backports sur le serveur (là aussi, une bidouille de plus = un risque de plus de créer des soucis, mais “ça devrait aller”). Je te laisse chercher sur les internettes comment on fait ça 