Bonjour, et bienvenue dans l’aventure !
Il y a une page de documentation sur les sauvegardes qui, je crois, couvre tes questions.
Quant au chiffrage, ce fil te renvoie à quelques pistes (en somme, YunoHost ne le gère pas mais s’en conviendrait bien en théorie).
Quant à la sécurité par obfuscation, je ne sais pas. Je crains que tout soit hardcodé. Mais peut-être qu’une règle Nginx bloquant tout accès hors de ton réseau local pourrait marcher ?