Pour clarifier les choses, je voulais préciser que la piste du hook n’était pas bonne, ça ne peut fonctionner qu’avec des fichiers spécifiques à yunohost et non avec ceux spécifiques aux applications, je me suis aperçu de mon erreur entre temps. Ça automatise uniquement les modifications apportées qui apparaissent avec la commande yunohost tools regen-conf -n -d.
Donc même si il n’y avait pas eu de solution avec le fichier /var/www/nextcloud/config/config.php , le hook n’aurait pas été complètement automatique, la commande yunohost tools regen-conf nginx --force après la mise à jour de l’application aurait été nécessaire.