Problème renouvellement Let's Encrypt

Bon… mon certificat s’est épuisé et je n’ai pas réussi à résoudre le problème + je l’ai empiré =/
Alors avant de faire plus d’âneries, je vous pose mon soucis.

J’ai suivi les conseils de CaptainSqrt2, mais cela n’avait pas fonctionné (je ne me rappel plus de la réponse du terminal).

Alors pour ré-installer letsencrypt j’ai suivi le tutoriel cité en premier post.
Mais maintenant nginx n’est pas content =/
Il me renvoie:
nginx: [emerg] duplicate location "/.well-known/acme-challenge" in /etc/nginx/conf.d/NdD.tld.conf:9 nginx: configuration file /etc/nginx/nginx.conf test failed
Et comme j’ai lancé une mise à jour ensuite, je n’ai plus du tout accès à mon site ^^ J’ai accès au serveur via ssh =)

Et je ne sais pas comment débuger tout ça =/
Je me sens bête =/

Edit:
Dans mon /etc/yunohost/certs/monnomdedomaine.tld j’ai un cert.pem qui est différent de celui présent dans /etc/letsencrypt/live/monnomdedomaine.tld, celui dans le yunohost/certs semble contenir 2 certificats (il y a deux fois: Begin certificat et End) dont un correspondant à celui présent dans /letsencrypt/live.
Est-ce une bonne piste à explorer?