Problème résolu !!! En reprenant pas à pas le howto, je me suis aperçu que j’avais 1 fichier letsencrypt.conf et 1 fichier 000-letsencrypt.conf, nginx n’appréciait pas du tout !
J’ai pu suivre la procédure jusqu’à son terme et maintenant mon domaine est certifié !
Merci à tous