Exactement la config ci-dessus, à part que j’utilisais du http/2, puisque je tournais avec un nginx plus récent (des backport, pour une raison qui m’échappe). Quand il a été mis à jour en 1.10, la compatibilité avec yunohost a été cassée.
Donc retour à la version stable (cf. Update to Yunohost 2.5.6 - Nginx (1.10) configuration issues).
Depuis ça foire (je ne sais pas exactement si c’était synchronisé, mais j’ai remarqué le problème peu après).