J’ai aussi ce problème, j’ai publié à ce propos il y a quelques jours en anglais ici : https://forum.yunohost.org/t/error-when-executing-peertube-4-2-migration-script
Par contre dans mon cas, la restauration automatique a fonctionné correctement.
J’ai aussi l’impression que c’est une erreur du script de migration, mais je ne connais pas suffisamment les systèmes de migration et de base de données de PeerTube pour pouvoir l’affirmer pertinemment.
Si personne ici n’a de solution ni ne sais en quoi le problème serait lié à YunoHost, je pense qu’il faudra finir par aller demander de l’aide sur le forum de PeerTube.