Merci pour la réponse ! 
J’ai réalisé en écrivant le message qu’effectivement le fait que j’associe ce erreur mail avec un problème de LE suite au passage à la 2.5 est pas forcément un diagnostic très logique.
Mais au final, autant faire la transition.
J’ai fait 'yunohost domain cert-install sousdomaine.domaine.tld --force --self-signed, j’obtiens ceci :
Traceback (most recent call last): File "/usr/bin/yunohost", line 217, in <module> timeout=opts.timeout, File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/moulinette/__init__.py", line 139, in cli moulinette.run(args, output_as=output_as, password=password, timeout=timeout) File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/moulinette/interfaces/cli.py", line 358, in run ret = self.actionsmap.process(args, timeout=timeout) File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/moulinette/actionsmap.py", line 484, in process return func(**arguments) File "/usr/lib/moulinette/yunohost/domain.py", line 271, in domain_cert_install return yunohost.certificate.certificate_install(auth, domain_list, force, no_checks, self_signed, staging) File "/usr/lib/moulinette/yunohost/certificate.py", line 154, in certificate_install _certificate_install_selfsigned(domain_list, force) File "/usr/lib/moulinette/yunohost/certificate.py", line 234, in _certificate_install_selfsigned _enable_certificate(domain, new_cert_folder) File "/usr/lib/moulinette/yunohost/certificate.py", line 781, in _enable_certificate _backup_current_cert(domain) File "/usr/lib/moulinette/yunohost/certificate.py", line 805, in _backup_current_cert shutil.copytree(cert_folder_domain, backup_folder) File "/usr/lib/python2.7/shutil.py", line 208, in copytree raise Error, errors shutil.Error: [('/etc/yunohost/certs/sousdomaine.domaine.tld/key.pem', '/etc/yunohost/certs/sousdomaine.domaine.tld-backups/20170219.172340/key.pem', "[Errno 2] No such file or directory: '/etc/yunohost/certs/sousdomaine.domaine.tld/key.pem'")]
Est-ce que c’est possible que le fait que les fichiers /etc/yunohost/certs/sousdomaine.domaine.tld/key.pem et crt.pem sont des liens symboliques joue là-dedans ?
Cf. le point 4 de l’installation manuelle de LE.