Salut,
J’ai eu un pb d’installation de mon certificat Let’s Encrypt pour un problème similaire :
mon domaine n’est soit-disant pas accessible via http…
j’avais résolu le soucis en utilisant l’option --no-checks de cert-install (cf : [solved] Certbot don’t recognize my domain name)
idem au renouvellement de mon certificat, j’ai donc utiliser la commande yunohost domain cert-renew --no-checks
J’ai bien un avertissement similaire mais cette fois ça marche !
Hope this helps