Je ne vois pas bien d’où vient ton problème.
Sur ma Raspberry B, le répertoire /var/www appartient à root et certains des sous-répertoires à root ou www-data.
Sur ma Banana Pi, le répertoire et tous les sous-répertoires sont à www-data. Sur la raspberry l’installation a été faite en utilisant l’image, alors que sur la banane j’ai d’abord installé bananian (équivalent de raspbian) puis j’ai exécuté le script yunohost.
Peut-être une mauvaise optimisation pour la V2 de Raspberry.