J’ai pu trouvé le problème grâce à
yunohost tools regen-conf -f
Il ne s’agissait donc pas d’un problème de mise à jour. Mais tout se trouvait du côté de nginx lua.
Afin de mieux sécurisé mon serveur le même jour que la mise à jour j’ai installer crowdsec et le bouncer nginx.
Tout comme ssowat le bouncer nginx de crowdsec utilise nginx lua. Cependant nginx lua n’aime pas du tout qu’on utilise plusieurs fois init_by_lua_file et init_by_lua_block ou qu’on utilise les deux en même temps. Ce qui d’après mes recherche cause pas mal de soucis de ce genre pas forcement facile à debugger car nginx lua est assez avare de logs et que la doc n’est pas très claire à ce sujet.
crowdsec utilise init_by_lua_block et ssowat init_by_lua_file. j’ai simplement du commenter la ligne init_by_lua_file /usr/share/ssowat/init.lua dans la config ssowat; et ajouter la ligne dofile("/usr/share/ssowat/init.lua") au fichier de config de crowdsec dans le init_by_lua_block.
Une fois fait il ne reste plus qu’a lancer un sudo systemctl reload nginx pour eviter que la commande yunohost ne modifie le fichier de config ssowat.
En espérant que cette mésaventure puisse servir à quelqu’un d’autre dans le futur.
Merci jarod5001 pour l’aide apportée.